L'Yonne occupe une position de carrefour entre le Bassin parisien et la Bourgogne, une situation géographique qui en fait l'un des départements de Bourgogne-Franche-Comté où la progression du frelon asiatique a été la plus rapide. Le département est traversé du nord au sud par son fleuve éponyme, qui constitue un axe de diffusion privilégié depuis le Bassin parisien vers le cœur de la Bourgogne. Auxerre, préfecture et principal pôle urbain, et Sens, grande ville du nord à la frontière de l'Île-de-France, représentent les deux foyers principaux de signalement.
L'agglomération auxerroise concentre une part importante des signalements icaunais. Auxerre et ses communes voisines — Auxerre-Chemin, Saint-Georges-sur-Baulche, Monéteau, Appoigny et Perrigny — présentent une densité de jardins arborés et de pavillons avec haies qui favorise la nidification. L'Yonne et ses affluents — l'Armançon, le Serein, la Cure — créent des corridors humides boisés qui permettent au frelon asiatique de rayonner depuis les zones riveraines vers les quartiers résidentiels périurbains. La FDGDON 89 et la préfecture de l'Yonne communiquent chaque année sur les gestes préventifs.
Le Sénonais au nord, à proximité directe de l'agglomération parisienne, présente une pression particulièrement forte. Sens et ses communes voisines — Malay-le-Grand, Soucy, Gron, Rosoy — signalent de nombreux nids chaque été. La proximité de la région Île-de-France, où la pression du frelon asiatique est très élevée, joue un rôle amplificateur. Les grandes propriétés arborées des communes périurbaines de Sens, avec leurs vieux arbres et leurs haies bocagères, offrent des sites de nidification idéaux, souvent découverts tardivement en raison des hauteurs de végétation.
Le vignoble de Chablis, dans le Chablisien, constitue la zone viticole la plus sensible du département. Les caves de Chablis, Fleys, Fyé et Maligny voient des nids apparaître dans les combles, les dépendances agricoles et les haies bordant les vignes. Le frelon asiatique représente une menace directe pour les apiculteurs locaux et, par ricochet, pour la pollinisation des vignes chardonnay du célèbre terroir de Chablis. La Chambre d'agriculture de l'Yonne sensibilise les viticulteurs et les apiculteurs depuis 2020.
La Puisaye, vaste territoire forestier et bocager à l'ouest du département, entre Saint-Fargeau, Toucy et Saint-Sauveur-en-Puisaye, présente une problématique rurale spécifique. Ses forêts de chênes, ses étangs et ses haies bocagères constituent des habitats naturels primaires pour le frelon asiatique. Les nids y sont souvent découverts tardivement, nichés dans les grands arbres des parcs de propriété ou dans les haies des exploitations agricoles. L'Avalonnais et le Tonnerrois, terres de bocage et de vignoble, signalent également une présence croissante depuis 2019, avec des nids régulièrement observés dans les caves d'Irancy, de Saint-Bris-le-Vineux et de Tonnerre.